Zvejnieka dēlam tiek piedāvāta galvenā privilēģija studēt Al-Azhar universitātē Kairā, sunnītu islāma varas epicentrā. Neilgi pēc viņa ierašanās mirst universitātes augstākā ranga reliģiskais vadītājs Lielais imāms, un jaunais students kļūst par bandinieku nežēlīgā cīņā par varu starp Ēģiptes reliģisko un politisko eliti.
Amins, kurš galvenokārt tiek stāstīts ar animācijas palīdzību, lai aizsargātu savu identitāti, atskatās uz savu pagātni, kad viņš bija bēglis no Afganistānas, cīnoties ar noslēpumu, ko viņš slēpis 20 gadus. Aizraujoša dokumentālā filma, kas uzņemta, apvienojot animācijas un arhīva materiālus, stāsta par ārkārtīgi spēcīgu stāstu par izdzīvojušo afgāņu geju un viņa nepieciešamību stāties pretī pagātnei, lai patiesi iegūtu nākotni. Amins kā nepavadīts nepilngadīgais ieradās Dānijā no Afganistānas. Šodien, 36 gadu vecumā, viņš ir veiksmīgs akadēmiķis un apprecas ar savu ilggadējo draugu. Noslēpums, ko viņš ir slēpis vairāk nekā 20 gadus, draud sagraut dzīvi, ko viņš ir uzcēlis sev. Pirmo reizi viņš dalās savā stāstā ar savu tuvu draugu. FLEE apvieno satriecošu attēlu un atmiņu gobelēnu, lai pastāstītu dziļi aizkustinošu un oriģinālu stāstu par jaunu vīrieti, kurš cīnās ar savu traumējošo pagātni, lai atrastu savu patieso es un mājas nozīmi.
Aizkustinošais astoņgadīgās Sašas portrets, kura apšauba savu dzimumu un, to darot, izraisa dažkārt satraucošas reakcijas sabiedrībā, kas joprojām ir ieguldīta bioloģiskā zēna un meitenes domāšanas sistēmā.