Neo, Morfejs un Trinitija ir atgriezušies iespaidīgajā Matriksa triloģijas otrajā daļā. Cīņā pret klonētajiem un uzlabotajiem ienaidniekiem, kuri aplenkuši pēdējo cilvēku patvērumu, viņiem pievienojas jauni aizrautīgi sabiedrotie. Ja nu pareģojums ir bijis patiess? Ja nu rīt karš būs beidzies? Vai tā dēļ nav vērts cīnīties? Vai tā dēļ nav vērts mirt? Neo arvien labāk apgūst un izprot savas neparastās spējas, bet Cionu ielenc Mašīnu armija. 250 000 Sargu, kas ieprogrammēti iznīcināt cilvēci, ir tikai dažu stundu attālumā no Zemes pēdējās cilvēku apdzīvotās saliņas. Taču Cionas iedzīvotāji, kurus iedvesmojusi Morfeja pārliecības, ka Izredzētais piepildīs Orākula pareģojumu un uzvarēs karā ar Mašīnām, paļaujas tikai un vienīgi uz Neo, kuru izmisīgā risinājuma meklējumos vajā drūmas un satraucošas vīzijas. Neo ir jāiet savs izvēlētais ceļš. Kas notiks, ja viņš kļūdīsies?