UC 0093 federācija ir atguvusies no sakāves un ir izveidojusi jaunu pretkoloniālo īpašo spēku vienību, lai cīnītos ar nemiernieku spēkiem: Londo Bell. Citur kosmosā Šars Aznable atkal parādās no pašnodarbinātas slēpšanās, paziņojot, ka tagad vada pats savu Neo-Zeon kustību, un plāno piespiest Zemes iedzīvotājus emigrēt uz kosmosu, izraisot apokalipsi.
CE75 kaujas joprojām turpinās. Ir neatkarības kustības, un Blue Cosmos agresija... Lai nomierinātu situāciju, tiek izveidota globāla miera uzraudzības aģentūra COMPASS, kuras pirmais prezidents ir Lacus. Kā COMPASS dalībnieki Kira un viņa biedri iejaucas dažādās reģionālajās cīņās. Tad jaunizveidota nācija ar nosaukumu Foundation ierosina kopīgu operāciju pret Zilā kosmosa cietoksni.