Kad no dzīlēm iznirst milzīgs, žaunām apveltīts briesmonis un iebrūk pilsētā, valdība steidzas glābt tās iedzīvotājus. Neliela brīvprātīgo komanda pārlaužas birokrātijas tīklam, lai atklātu briesmoņa vājumu un tā noslēpumainās saites ar ārvalstu lielvaru. Taču laiks nav viņu pusē – viņu acu priekšā risināsies lielākā katastrofa, kas jebkad piedzīvojusi pasauli.
Neatkarīga pētnieku grupa, ko sauc par Godzilas prognozēšanas tīklu (GPN), aktīvi izseko Godzillu, kad viņš piekļūst Nemuro. Lietas kļūst vēl sarežģītākas, kad Ibaragi prefektūrā tiek atklāts milzu meteors. Noslēpumainā klints sāk levitēt, kad tiek atklāti tā patiesie nodomi attiecībā uz pasauli un Godzillu.