Karalis šamanis ir tas, kurš var sazināties ar garu karali un pārveidot pasauli. Ik pēc 500 gadiem šamaņi, kas var sazināties starp dzīvo un mirušo pasauli, sacenšas Šamaņu cīņā, lai kļūtu par nākamo šamaņu karali. Starp tiem, kas tiecas uz virsotni, ir jauns šamanis vārdā Yoh Asakura.
Ir 20XX gads. Zemei uzbruka monstri, kurus sāka dēvēt par "Cilvēces ienaidnieku". Lai cīnītos ar šiem draudiem, tika izveidotas speciālas skolas, kas sastāvēja no pusaudžiem ar neparastām spējām. Šiem cilvēkiem, kurus sāka dēvēt par "talantīgajiem", bija spējas, kas varēja izaicināt realitātes noteikumus. Starp šiem cilvēkiem ar pārdabiskām spējām bija kāds svešs cilvēks, kurš tika nosūtīts uz kādu no šīm skolām, neskatoties uz to, ka viņam nebija nekādu iedzimtu īpašu spēju. Šis ir stāsts par mūsu galveno varoni, kurš mēģina sakaut cilvēces ienaidniekus, izmantojot tikai intelektu un manipulācijas.