Japānas valdība izveido īpašu darba grupu, lai cīnītos pret milzīgajiem radījumiem, kas pēkšņi parādās visā valstī. Drīz vien komanda negaidīti satiek milzu sudraba humanoīdu, kurš sāk parādīties katru reizi, kad uzbrūk kosmosa briesmonis!
Pēc ceturtā trieciena, palikuši bez saviem evaņģēlijiem, Šindži, Asuka un Rei atrod patvērumu vienā no retajām cilvēces kabatām, kas joprojām pastāv uz izpostītās planētas Zeme. Tur katrs dzīvo dzīvi, kas ievērojami atšķiras no Evangelion pilota dienām. Tomēr briesmas pasaulei nebūt nav beigušās. Pie apvāršņa draud jauna ietekme — tāda, kas izrādīsies patiesais Evangelion beigas.