Иттоки Сакураба был обычным парнем, пока однажды его жизнь не перевернулась вверх дном! Однажды, он узнаёт, что является девятнадцатым наследником известного клана ниндзя — Ига. Им противостоит клан Кога, который хочет отнять жизнь у Иттоки. И теперь ему необходимо стать сильнее, чтобы защитить не только себя, но и всю свою деревню. Для этого он поступает в академию Кокутэн, где постигает ремесло современных ниндзя. Вместе с учениками из других деревень Иттоки вступает в противостояние с кланом Кога, чтобы раз и навсегда покончить с этой враждой.
Прошло около десяти лет после окончания Четвёртой Войны Святого Грааля, в которой вместе с Королём Завоевателей, Искандером, участвовал молодой Уэйвер Велвет. Некоторое время назад он получил титул лорда в Часовой Башне и стал известен как лорд Эль-Меллой II. Теперь ему предстоит разобраться с внутренней политикой в штаб-квартире «Ассоциации магов», помочь восстановлению семьи Эль-Меллой и её будущей главе Райнес Арчисорт, а также справиться со множеством запутанных дел, наполненных магией и таинством. В этом непростом деле ему будут помогать его ученики: загадочная хранительница могил, Грей, и её говорящий мистический код, Адд, а также выдающаяся комбинация трудных подростков — Флатт Эскардос и Свин Глашайт, которые, несмотря на свою репутацию, являются самыми одарёнными учениками факультета современной магии.
История разворачивается в виртуальном мире, где детектив Сака́йдо пытается раскрыть жестокое убийство юной девушки Каэ́ру, но всё не так просто, ведь мир вокруг Сака́йдо заставляет его подвергнуть сомнениям собственные убеждения