Победив последнего Ангела, NERV сталкивается с более зловещей угрозой: пока Гэндо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на их подземную штаб-квартиру нападают боевики Seele. Рэй сливается с Лилит, а Синдзи предстоит сделать выбор — продолжит человечество существование или нет.
Оказавшись свидетелем убийства собственного отца в семейном додзё, Хадзуки Рё решил посвятить свою жизнь тому, чтобы найти и наказать виновных. Ради этой цели он покинул родную Японию, выехав в Гонконг, и готов отправиться на край света лишь бы свершить свою месть. Однако вскоре выясняется, что всё не так просто и в происходящем замешены большие люди и сверхъестественные силы, так что Хадзуки придётся тренироваться изо всех сил и стать сильнейшим мастером боевых искусств, если он хочет добиться справедливости и отомстить за смерть отца.
Отвязный ярко-синий ежик Соник вместе с новообретенным — человеческим — лучшим другом Томом Вачовски он знакомится со сложностями жизни на Земле и противостоит злодейскому доктору Роботнику, который хочет пленить Соника и использовать его безграничные суперсилы для завоевания мирового господства.