Эпоха мечей, героев и мифов. Гигантские звери создали землю, но люди украли у них ее. Разозлившиеся звери начали охоту на людей, чтобы уничтожить захватчиков. Люди в свою очередь воззвали богов себе на помощь. Кайдзю стали появляться по всему миру, нанося огромный ущерб, но люди дали им отпор и их культура начала процветать из-за использования себе на пользу расчлененных частей монстров.
Действие Arknights происходит в антиутопическом научно-фантастическом мире под названием Терра, где его обитателям своиственны кемономические черты животных или мифологических рас. Регулярные природные бедствия на планете, названные Катастрофами из-за их разрушительности, оставляют после себя ценный минерал — ориджиниум, который заражает жителей прогрессирующей болезнью — орипатией, но также позволяет им пользоваться магическими способностями, известными как искусства. Из-за стопроцентной смертности и высокой заразности болезни враждебность по отношению к зараженным стала распространённым явлением, что привело к их массовому карантину и изгнанию правительствами всего мира, а также к возникновению напряженности между инфицированными и неинфицированными жителями. В центре сюжета — фармацевтическая компания «Остров Родос», основные цели которой: не допустить притеснения зараженных и создание лекарства от этой ужасной болезни.
Макото Мизуми — обычный старшеклассник, но однажды он был призван в другой мир как герой. Однако богиня этого мира, едва увидев парнишку, заявила, что у него уродливое лицо, а посему лишила Макото геройского титула и отправила в глушь на краю света. В диких дебрях Макото поджидают разнообразные существа: драконы, пауки, орки, дворфы и много кто ещё! Удастся ли ему выжить? Сможет ли он изменить мир к лучшему вопреки людям, богам и прочим недоброжелателям?
Средневековье. Королевство раздирают коррупция и абсолютная власть, и лишь истинный благородный воин — Король Барток — видит силу и будущее в единстве. При поддержке своих преданных и закаленных в сражениях рыцарей, он способен объединить земли. Но коварные враги уничтожают короля. И тогда его верные рыцари во имя высшей справедливости и отмщения чести своего господина выступают на штурм самой защищенной крепости королевства. Они готовятся взять реванш ценою собственных жизней.