Сюжет NieR: Automata рассказывает историю про вторжение на Землю пришельцев, которые с помощью особого вируса создали механическую форму жизни. Она без труда захватила нашу планету, заставив человечество сбежать на Луну. Чтобы вернуть родную планету, люди создали андроидов, которые теперь должны сразиться с врагом и отвоевать Землю обратно.
Кикуру Мадана — страж, хранящий покой города, защищая его от монстров. Несмотря на юный возраст, он первоклассный охотник, так как всю жизнь провёл в тренировках и совершенствовании навыков. Осознав вдруг, что молодость уходит и он может не успеть ею насладиться, Кикуру решает исправить это недоразумение и объявляет, что покидает гильдию. Тогда администратор Эном просит Кикуру сначала подготовить замену себе и поднатаскать новенькую, неуклюжую зверодевушку Хитаму.
Жизнь человека сосредоточена на работе, на которой каждый совершеннолетний член общества проводит, как минимум, восемь часов день, а то и больше. Ещё восемь часов тратится на сон, дорогу, еду, вот и получается, что большую часть жизнь человек торчит на работе и едва выкраивает время для себя. Чтобы в череде серых будней не забыть о радостях бытия, необходимо научиться их находить и ими наслаждаться. Для офисной служащей Фушихары источником ежедневной радости и отдохновения становится общение с очаровательной крошкой-призраком, которая искренне заботится о ней! Своим непосредственным обаянием и чистосердечием Юрэй каждый день исцеляет уставшую душу Фушихары.
Вакана Годзё — пятнадцатилетний ученик старшей школы, в прошлом получивший серьезную психологическую травму на фоне своего увлечения. Впоследствии юноша изолировал себя от общества и начал вести затворнический образ жизни. Так продолжалось до тех пор, пока в жизнь Годзё не ворвалась Китагава — общительная гяру, полная его противоположность. Довольно скоро они разделили хобби друг с другом, что привело к их странным, но прочным отношениям.
Оказаться белой вороной способен не только человек, но и вампир. Ванитас был кровопийцей, которого отвергало общество ему же подобных детей ночи. Они имели на то причину, ведь Ванитас был рожден в ночь, когда на небосклоне появилась Голубая Луна, а не Красная, как принято. Вампиры опасались его и старались гнать из своей компании. Ванитас был охвачен негодованием и стал помышлять о мести обидчикам. И он находит способ, который позволит реализовать данное желание, а он оказывается довольно интеллигентным и даже завораживающим. Вампир написал «Мемуары Ванитаса», и его творение стало гримуаром, наделенным впечатляющей силой.
На первый взгляд может показаться, что Хори — обыкновенная девушка-подросток, но внешность бывает обманчива. В то время, как родители трудятся на работе, героине остаются все хлопоты по дому, а также забота о младшем брате. Из-за постоянной занятости у неё просто не остаётся времени на то, чтобы насладиться прелестями подростковой жизни. Вскоре она знакомится с Миямурой, который также не показывает в школе настоящего себя. Он кажется недружелюбным тихоней, но за пределами стен школы оказывается абсолютно другим человеком. Так, у этой парочки находится много общего, и постепенно они начинают сближаться.
События сериала будут происходить в мире, где сказочное понятие "магия" было заменено высокими технологиями в начале 21-го века. В связи с глобальным похолоданием, началось около 2030 года, поставки продовольствия сократилось. По источнику энергии постоянно велась борьба, и в 2045 году она переросла в Третью мировую войну, которая длилась 20 лет. Население Земли уменьшилась до трех миллиардов. Этот конфликт не перерос в полномасштабную ядерную войну и только благодаря совместным усилиям магов-технологов со всего мира, войну удалось завершить. Сейчас конец 21-го века. При таких неопределенных условиях все нации соревнуются друг с другом в развитии магии.
В академии Камомэ ходит легенда о семи школьных тайнах. Одной из таких тайн является существование Ханако. Говорят, что на третьем этаже старого школьного здания есть женский туалет, в котором появляется Ханако, которая может исполнить любое твоё желание.
Нэнэ Ясиро — ученица Камомэ, интересующаяся всем потусторонним и сверхъестественным, — решает проверить правдивость слухов и отправляется в ту самую туалетную комнату. Нэнэ вызывает Ханако, и та действительно приходит на её зов, вот только Ханако совсем не такая, какой воображала её Нэнэ. Ведь Ханако, обитающая в женском туалете, — на самом деле мальчик!
Лара Крофт - молодая женщина с непокорным характером, чей отец, эксцентричный искатель приключений, пропал без вести семь лет тому назад. Несмотря на то, что она едва сводит концы с концами, Лара отказывается перенять бизнес-империю отца и не верит до конца в то, что он погиб. В надежде разгадать семейную загадку, она отправляется в полное опасностей и лишений приключение на удаленный остров, где отца видели в последний раз. Ее единственное оружие - точеный разум, слепая вера и упрямость.