На Японию нападают гигантские монстры, желающие разрушать всё на своем пути, но у человечества есть защитник — супергерой, способный сильно увеличиваться в размерах...
Синдзиро Хаята — сын Сина Хаяты, который был первым Ультраменом — наделён особенной силой. Однако узнаёт он об этом лишь когда подвергается нападению неизвестных. Ультрамен спасает Синдзиру и рассказывает о том, что он — его отец. Синдзиро надевает костюм Ультрамена, предоставленный мистером Идом, бывшим членом Специального научного поискового отряда, и решает отныне во всём помогать отцу. Впереди их ждёт большая битва.
При первой встрече обычного старшеклассника Ёмоги Асанаки с Гаумой последний заявляет, что он повелитель кайдзю… А затем, словно в доказательство его слов, на город нападает огромный монстр кайдзю! Юмэ Минами, Коёми Яманака и Тисэ Аскагава оказываются не в том месте, не в то время… Теперь все вместе они должны сойтись в отчаянной битве с чудовищем, пилотируя огромного робота Диназенона!
В детстве Котоко Иванага была унесена ёкаями — сверхъестественными мифическими существами. Они предложили ей роль богини мудрости, что позволило бы стать посредником между людским и потусторонним мирами. Взамен за это у неё заберут правый глаз и левую ногу. После недолгих раздумий Котоко согласилась на сделку, и теперь всякий раз, когда у ёкаев возникают проблемы, они бегут к ней за помощью.
Прошло шесть лет. Куро Сакурагава, которого встретила Котоко, — молодой двадцатидвухлетний студент колледжа, только что расставшийся со своей девушкой. Котоко посчитала это шансом поближе познакомиться с парнем. Однако вскоре осознала, что Куро не совсем прост и имеет некую сверхспособность. Девушка предлагает ему стать напарником в расследовании сверхъестественных дел. Так и начинается их увлекательное и захватывающее приключение.