В результате взлома медицинской исследовательской лаборатории на воле оказались генетически модифицированные гадюки. В то время, как змеи съедают все на своем пути и размножаются с угрожающей скоростью, группа местных жителей, оказавшихся в ловушке в отеле на изолированном острове, пытается сбежать.
Команда исследователей отправляется на поиски затерянных индейских племен в самое сердце таинственных джунглей Амазонки. Наслаждаясь пейзажами великой реки, они не подозревают, что их проводник — сумасшедший охотник, помешавшийся на идее поймать гигантскую змею. Никто не верит его рассказам о мистическом хищнике, пока не появляется первая жертва, и их путешествие превращается в борьбу за выживание. Анаконда не ждет охотников, она сама — охотник.