2035 год... Чудовищный, неизлечимый вирус уничтожил пять миллиардов человек, то есть 99% населения Земли. Оставшиеся в живых люди вынуждены обитать под землёй. Уголовник Джеймс Коул (Уиллис) добровольно отправляется в опасное путешествие на машине времени. Он должен попасть в прошлое, чтобы помочь учёным найти источник возникновения этого ужасного вируса и раскрыть загадку таинственных «Двенадцати обезьян»...
В 2032 году в крио-тюрьме после 35-летней заморозки пробуждается один из самых опасных преступников Саймон Феникс и решает взять приступом спокойный, свободный от всякого насилия Лос-Анджелес. Неспособные справиться с жестокими повадками 1990-х годов, свойственными Фениксу, официальные власти ищут полицейского тех лет, который смог бы одержать верх над преступником 90-х. Для этого они размораживают сержанта Джона Спартана, несправедливо осужденного на срок в крио-тюрьме за его последнюю схватку с Фениксом.