Спустя 31 год после Третьей мировой войны и ядерной бомбардировки столицы Японии, воссоздан новый город - Нью-Токио. Внешне все под контролем, однако страна теперь напоминает профашистское государство, жесточайшим образом подавляющее попытки мятежа. Военные в лице полковника Сикисимы, руководителя проекта биологических военных экспериментов, входят в конфликт с правительством. А в стране возникает религиозный культ сверхчеловека по имени Акира, приход которого, якобы, сможет решить все проблемы Японии.
Корпорация RST возвращает к жизни недавно убитого солдата Рэя Гаррисона. Армия нанороботов в его крови превратила Рэя в бессмертного Бладшота, наделенного сверхчеловеческой силой и способностью мгновенно самоисцеляться. Контролируя тело Рэя, компания влияет на его разум и воспоминания. Но герой пойдет на все, чтобы выяснить правду!