Женщина клонирует своего умершего возлюбленного и воспитывает его с младенчества до юношества, постоянно испытывая сомнения в том, верное ли решение она приняла.
Середина XXI века. Линкольн Шесть-Эхо живет в подземном бункере вместе с другими людьми, выжившими после некой глобальной катастрофы. Как и все остальные, Линкольн лелеет надежду оказаться в числе «избранных», которым предоставляется возможность попасть на «Остров» (такое название дали тому месту на планете, которое не подверглось заражению). Однако вскоре до Линкольна доходит, что те, кто живет в бункере, это клоны, служащие «запчастями» для людей, живущих на «Острове».
В 21-ом веке свирепый вирус уничтожил большую часть человечества, а оставшихся в живых заставил изолироваться в одном-единственном городе, защищенном специальным куполом.Именно там действует таинственный агент Эон Флакс, мотивы которой необъяснимы, а главной целью является видный политический деятель…