Поражение Хана и создание планеты Генезис стали очередным триумфом капитана Джеймса Т. Керка; но для него эти победы больше не имеют значения. Керк потерял одного из своих лучших друзей, Спока, который погиб, спасая «Энтерпрайз», и эта потеря невосполнима. Одновременно с этим Керк близок к тому, чтобы потерять еще одного своего лучшего друга, Мак-Коя, который потерял рассудок. Неожиданный визит Зарека, отца Спока, проясняет ситуацию и дает Керку надежду — Спок жив, и его разум в данный момент помещен в тело Мак-Коя. Чтобы помочь друзьям, Керк угоняет свой корабль, к тому времени уже предназначенный на слом, и нарушает установленный Федерацией карантин на планете Генезис, на которой работает научная экспедиция во главе с его сыном Дэвидом. Но в это же время о существовании Генезиса узнают Клингоны, и их боевой корабль под управлением командира Крюге спешно направляется к планете Генезис. Их встреча неизбежна…
После свадьбы командира Уильяма Райкера и советника Дианы Трой, экипаж корабля «Энтерпрайз» обнаруживает позитронный сигнал на одной из планет около нейтральной зоны, где они находят B-4, менее совершенный, чем Дейта, прототип андроида созданного доктором Сунгом. Эта загадка остается неразгаданной, так как в то же время адмирал Джейнвей приказывает «Энтерпрайзу» отправиться к Ромулу, где сенат был свергнут в результате государственного переворота Шинзоном и его последователями. По прибытию на Ромул, «Энтерпрайз» обнаруживает не только самый мощный из всех встреченных ими кораблей, но и страшную тайну касающуюся нового лидера Ромуланской Империи, который планирует использовать смертельное оружие для уничтожения всего живого на главной планете Федерации — Земле….
Планета Марс, 2176 год. На одну из дальних шахтерских станций, на специальном поезде отправляется отряд полиции, чтобы забрать, и доставить в город опасного преступника Уильямса, подозреваемого в убийстве и грабеже. Однако члены отряда еще даже не догадываются о той опасности, которую им приготовил Марс. Ведь отважным полицейским придется столкнуться не столько с людьми, сколько с таинственными и зловещими силами, живущими в самой планете.