Странные события происходят в Нью-Йорке: некий ученый Марк Уинтерс собирает армию древних монстров с единственной целью — поработить мир. Черепашки необходимы больше, чем когда-либо, но Рафаэль, Донателло и Микеланджело исчезли. Поэтому Леонардо должен восстановить единство команды, чтобы затем спасти город!
В космическом мегаполисе Метро живет гениальный ученый доктор Тенма. Оплакивая своего погибшего сына, он создает Астробоя, мальчика-робота, наделенного самыми лучшими человеческими качествами и сверхъестественными способностями супер-героя. Но каково же было разочарование Астробоя, когда он узнал, что он… не настоящий человек. В это время Астробой попадает в поле зрения преступных военных кругов, которые хотят использовать силу маленького робота для захвата Земли…