Старшая школа Кодо Икусэй — престижное учебное заведение с великолепными показателями, где 100% учащихся поступают в университеты или находят работу. Учащимся позволено ходить с любыми прическами и приносить любые личные вещи. Кодо Икусэй — школа, похожая на рай, но правда состоит в том, что такой подход применим только к самым блестящим учащимся. Главный герой, Киётака Аянокоджи, учится в классе D, куда управление школы «сливает» студентов с низкой успеваемостью. По одной причине Киётака был невнимателен на вступительном экзамене, поэтому попал туда. После встречи с Сузунэ Хорикитой и Кикё Кушидой, двумя его одноклассницами, его положение начинает меняться.
Япония, 2019 год, осталось совсем чуть-чуть до новой эпохи. Внезапно в небе появляется разлом в другое измерение, которое открывает для всех альтернативный мир, где небо и земля перевёрнуты вверх дном. В этом параллельном мире Япония по-прежнему захвачена идеями милитаризма, а эпоха здесь - Вечная Сёва. Военные из этого мира вторгаются в настоящую Японию, используя в качестве оружия гигантских гуманоидных роботов под названием "Гаранн" с их газовым оружием "Генму". Захватчики практически мгновенно берут под свой контроль правительство и фактически завоёвывают Японию. Новая эпоха, "Рейва", так и не наступила для Японии.
В академии Камомэ ходит легенда о семи школьных тайнах. Одной из таких тайн является существование Ханако. Говорят, что на третьем этаже старого школьного здания есть женский туалет, в котором появляется Ханако, которая может исполнить любое твоё желание.
Нэнэ Ясиро — ученица Камомэ, интересующаяся всем потусторонним и сверхъестественным, — решает проверить правдивость слухов и отправляется в ту самую туалетную комнату. Нэнэ вызывает Ханако, и та действительно приходит на её зов, вот только Ханако совсем не такая, какой воображала её Нэнэ. Ведь Ханако, обитающая в женском туалете, — на самом деле мальчик!