Действие разворачивается в мире, где обитают жуткие монстры, несущие смерть и разрушение, а единственной надеждой человечества являются Охотники и Охотницы. Руби Роуз, Вайс Шнее, Блэйк Белладонна и Янг Сяо Лун — четыре Охотницы в процессе обучения, которым предстоит отправиться в путешествие, ведущее далеко за пределы их школы, Академии Маяк. Каждая из них сильна по-своему, но чтобы одолеть тёмные силы, им предстоит научиться работать в команде.
Школьница Маюми потеряла звезду, которую она однажды увидела десять лет назад. На помощь ей приходит неофициальный, секретный и совершенно загадочный Клуб детективов-красавчиков. По слухам, эти пять великолепных мальчиков решают проблемы в школе — большинство из которых, правда, сами и создают. Очарованная ими Маюми погружается в мир азарта, опасностей и потрясающей красоты.
В недалёком будущем человечество сталкивается с неминуемой угрозой от загадочных инопланетных существ. Весь мир погружается в войну с этими существами, против которых обычное оружие бесполезно. И тогда ученые разрабатывают новый прототип оружия, которое сочетает в себе науку и магию. Для достижения наибольшего эффекта его должны использовать девушки-подростки, именуемые «Лилии». Они обучаются в специальных военных академиях, которые также служат базами для защиты людей. Эта история о девушках, которые стремятся стать «Лилиями», чтобы защитить весь мир.
События происходят во вселенной, параллельной миру оригинального сериала «Девочка-волшебница Мадока★Волшебство».
Ироха Тамаки — шестнадцатилетняя девушка, которая сражается с ведьмами в городе Такарасаки. Она не помнит ни о том, когда она заключила контракт девочки-волшебницы, ни о том, ради кого он был заключён. Так продолжается до тех пор, пока после одного из сражений ей не приходит видение во сне — оказывается, девушка стала волшебницей, чтобы излечить свою пропавшую сестру Уи от болезни.
Желая выяснить, что случилось с сестрой, Ироха отправляется в Камихаму — таинственный город, в котором обитают одни из сильнейших ведьм. Многим являлись подобные видения, и поэтому ходят слухи о том, что только в этом городе девочка-волшебница способна обрести счастье и освободиться от сражений с ведьмами. Но что же на самом деле скрывает Камихама?