Сиквел анимационного хита «Братья Супер Марио в кино» возвращает любимых героев — Марио, Луиджи, Принцессу Пич и Браузера. На этот раз братьям предстоит отправиться в новые миры, встретить неожиданных союзников и противников и вновь доказать, что даже самые маленькие герои могут изменить судьбу целого королевства.
Мальчик Эш отправляется со своим первым покемоном Пикачу в путешествие с целью стать величайшим Мастером Покемонов на свете. По пути к нему присоединяются Брок, повернутый на девочках тренер каменных покемонов, и девчонка-сорванец Мисти, тренер водяных покемонов, которой, похоже, приглянулся Эш. Друзья путешествуют по всей стране, участвуя в различных соревнованиях покемонов. Однако по дороге им все время мешают Джесси, Джеймс и Мяут — троица воришек, охотящихся за Пикачу.
История начинается с таинственного исчезновения частного детектива экстра- класса Гарри Гудмана, расследовать которое предстоит его 21-летнему сыну Тиму. Помощь в расследовании ему окажет бывший партнер отца, детектив Пикачу — уморительный, остроумный и обаятельный сыщик, который является загадкой даже для себя самого. Обнаружив, что они каким-то фантастическим образом способны общаться друг с другом, Тим и Пикачу объединяют усилия в захватывающем расследовании этой запутанной истории.